Principalele râuri care străbat teritoriul judeţului sunt: Cerna, Timişul, Caraşul şi Bârzava. De asemenea, Dunărea formează limita de sud a judeţului şi se întinde pe o lungime de 60 km. Pe teritoriul judeţului se găsesc şi numeroase lacuri naturale şi de baraj.

    Prin formele variate pe care le îmbracă, hidrografia este un element important al aşezărilor umane şi mai ales al economiei, potenţialul său fiind valorificat în forme variate: hidroenergie, irigaţii, alimentări cu apă potabilă şi industrială, piscicultură, sport, turism agrement.

     Varietatea reliefului și dispoziția sa în trepte, condițiile climaterice, litologice și structura geologică constituie factorii principali, care determină caracterul hidrologic, atât al scurgerii de suprafață, cât și cel al apelor de adâncime ori freatice.

     Comuna Băuțar dispune de o bogată reţea hidrografică de suprafață, principalul curs de apă ce străbate comuna fiind râul Bistra, afluent al Timișului. Râul Bistra primește la intrarea pe teritoriul comunei mai mulți afluenți, pârâuri cum sunt: pe teritoriul localității Bucova: Valea Lupului și Bogdanu de pe versantul sudic, Remetea de pe versantul nordic, Bucovița de pe versantul sudic, reprezentând și hotarul dintre Băuțar și Bucova; pe teritoriul localității Băuțar: Frasina și Rodoreasa de pe versantul sudic, Strîmba de pe versantul nordic (care are ca afluenți pârâurile Micota și Corna, iar Micota are afluent Valea Pietrii și Strugu, iar Corna primește ca aflenți Vîrciorovelu și Florușu), Gemenița și Văratecu de pe versantul sudic, Mânea de pe versantul nordic, Rodomila de pe versantul nordic, care are și o frumoasă legendă, Gura Popii de pe versantul nordic, Stîrna și Nermeș.